項目合同發生爭議后，雙方可以自行和解，但要簽訂和解協議，也可以請第三方機構或人民調解委員會介入調解爭議，也可以向仲裁機構申請仲裁或向法院起訴解決爭議。

　　一、如何處理民事訴訟法工程合同糾紛？

　　有爭議的當事人可以協商.仲裁或訴訟解決。即發生工程合同糾紛的，可以通過以下方式進行處理：

　　(1)當事人自愿協商解決；

　　(2)第三人或人民調解委員會居中調解；

　　(3)向仲裁委員會申請仲裁；

　　(4)向人民法院提起民事訴訟。

　　請求人民法院保護民事權利的訴訟時效為三年。法律另有規定的，自權利人知道或者應當知道其權利受到損害和債務人之日起計算訴訟時效。法律另有規定的，依照其規定。但是，人民法院自權利受到損害之日起二十年以上不予保護。有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延期。

　　二、未備案建設工程合同的后果是什么？

　　備案不是有效的強制性規定，不備案的合同仍然可以是有效的合同。

　　對于通過招標程序的建設工程施工合同，自投標人中標之日起已成立。法律沒有規定只有在注冊后才能生效。這是國家政府行政部門為嚴格管理和監督建設工程合同而采取的行政管理辦法。

　　建立這種備案制度并不意味著中標合同必須經行政部門審查批準后才能生效，而是以備案中標合同作為承包人與發包人之間結算工程款的依據。

　　因此，合同中標后立即成立并生效。雙方享有合同權利，應當依法履行合同義務。發包人公司違反合同約定，擅自將工程承包給其他建筑公司，屬于違約行為的，應當依法承擔相關違約責任。

　　三、建筑工程合同糾紛訴訟主體如何確定？

　　1.建設單位內部不具備法人條件的職能部門或者下屬機構簽訂的建設合同，發生爭議后，應當以建設單位為主體，起訴或者應訴。

　　2.建筑企業的分支機構(分公司).工程處.工區.項目經理部.施工隊等)簽訂的施工合同，爭議發生后，一般以分支機構作為訴訟主體，如果分支機構沒有獨立財產，則應增加施工企業作為共同訴訟人。

　　3.借用營業執照.資質證書和他人名義簽訂的建筑合同，涉及訴訟后，借款人和貸款人為共同訴訟人，起訴或應訴。

　　4.共同承包或者共同承包的建設工程發生爭議后，以共同承包人為共同訴訟人，起訴或者應訴；共同承包人組成合資企業，具有法人資格的，以合資企業為主體。兩個以上法人.其他經濟組織或者個人合作建設項目，對合作建設項目享有共同權益的，合作方因與承包人簽訂建設項目合同而發生爭議的，其他合作建設方應當列為共同原件.被告。

　　5.對于實施總分包辦法的建設項目，因分包工程發生爭議后，總承包商和分包商應作為共同訴訟人起訴或應訴；分包商起訴總承包商的，以分包合同主體為訴訟主體，是否將建設單位列為第三方，視情況而定。

　　如果在項目合同中發生爭議，可以自行協商解決。項目合同是否備案不影響合同的法律效力，合同備案不是有效性的強制性規定。但是，如果合同標的物發生爭議，問題不能按照本合同的條款解決。備案合同的標的是承包人與發包人之間結算工程款的依據。